华商协会组织原则为民主集中制，各种选举或决定表决均应以出席人数半数以上的通过为有效。

会员代表大会的代表名额和产生办法，由上届常务理事会决定。

各市同业公会，行业协会等团体会员为商会的当然理事单位，由该团体推荐其负责人作为理事人选，经会员代表大会选举确认。

华商协会下设秘书处，为商会常设联络、服务机构。华商协会的最高权利机构是由理事长、荣誉会长、名誉会长、会长（其中一名会长担任执行会长）、副会长（其中一名副会长担任常务副会长）、及若干人组成的常务理事会或会员大会。

华商协会理事会选举常务理事，组成常务理事会，由常务理事会选举理事长、荣誉会长、名誉会长、会长、副会长，在理事会闭会期间，常务理事会行使理事会的职权，常务理事会对理事会负责并报告工作。

监事会是本会最高监督机构，对会员代表大会负责。在代表大会休会期间，监督理事会，监督本会财务及所办企业的经营情况。监事会设主席一名、由监事会推选产生。

华商协会可聘请对协会有特殊贡献的澳洲和海外著名企业家为荣誉会长及名誉会长。